Keskkonnaorganisatsioonid kaebasid Linnamäe HEJ-ga seotud  Vabariigi Valitsuse korralduse kohtusse

Eesti Ihtüoloogia Selts 

Eesti Kalastajate Selts

Jägala Kalateed MTÜ

Vabariigi Valitsus andis Kultuuriministri ettepanekul nõusoleku Jägala loodusalal asuval Linnamäe paisul Jägala jõe jätkuvaks paisutamiseks ja elektrienergia tootmiseks Linnamäe hüdroelektrijaamas.

Tänaseks on Vabariigi Valitsbuse korraldust analüüsinud mitmed juristid ja leidnud seal palju õigusvastasust. Selle korraldusega on rikutud nii EL direktiive kui ka EV Põhiseadust.

Linnamäe HEJ rajatised asuvad Jägala loodusalal, mis on Natura 2000 võrgustikku kuuluv ala. Linnamäe HEJ juurde kuuluv kalatrepp ja pais on  tunnistatud 2016. aastal ehitismälestiseks. Mõlemat ehitist on tunduvalt ümber ehitatud, algupärasena on säilinud vaid müüri osad kummalgi pool kallast. 

Jägala loodusala on sobiv elupaik mitmetele kaitsealustele liikidele nagu saarmas, paksukojaline jõekarp, harilik võldas, jõesilm  ja lõhe. Paisutuse tõttu on nimetatud liikide pääs ajaloolisse elupaika ja seal elamine takistatud. Näiteks suudaks Jägala jõgi taastoota 10% Soome lahe lõhepopulatsioonist. Pärast ala Natura 2000 võrgustikku liitmist oli Eesti riigil kohustus hinnata kas sellel alal tohib jätkata loodust kahjustava tegevusega (teha Natura erand) või mitte. 

EL direktiivide järgi tohib Vabariigi Valitsus anda  looduskaitsealal loodust kahjustavaks tegevuseks nõusoleku (teha Natura erand) ainult teatud eeldustel ja teatud reeglite järgi. 

Keskkonnaameti poolt tehtud analüüsi kohaselt ei ole täidetud neist ükski eeldus, sest:

• elektri tootmiseks Jägala loodusalal on alternatiivid;
• vee paisutamiseks ja elektri tootmiseks  Jägala loodusalal  ei ole erakordselt mõjuvat põhjust, Linnamäe HEJ ei ole elutähtsa teenuse pakkuja, Linnamäe HEJ toodang on kogu Eestis toodetavast elektrienergiast 0,1%.
• kahjustatud loodusala asendamiseks ei ole võimalik rakendada piisavaid meetmeid.

Keskkonnaametil ei olnud alust Vabariigi Valitsuse poole Natura erandi ettepanekuga pöörduda.  Riigikohus on täpsustanud, et kuna kultuuripärand on osa keskkonnast, siis muinsuskaitseliste ja muude keskkonna huvide vastastikkuseks kaalumiseks on pädev asutus